DWMED

Breadcrumbs



PCR - metoda wykorzystywana do amplifikacji DNA

PCR (ang. Polymerase Chain Reaction) to metoda powszechnie wykorzystywana do amplifikacji DNA. Jej upowszechnienie stało się możliwe dzięki wprowadzeniu na rynek m.in. termostabilnej polimerazy DNA oraz termocyklera – urządzenia, które precyzyjnie i szybko zmienia temperaturę wg wcześniej ustalonego programu. W październiku 2022 r. opisano nową metodę amplifikacji DNA – SHARP (ang. SSB-Helicase Assisted Rapid PCR). Jest ona oparta na PCR, ale cała reakcja przebiega w warunkach izotermicznych, tzn. w stałej temperaturze. Na poniższym schemacie przedstawiono kolejne etapy amplifikacji DNA metodą SHARP.

 

 

PCR – metoda wykorzystywana do amplifikacji DNA

 

 

W tabeli przedstawiono skład dwóch roztworów, po zmieszaniu których zachodzi amplifikacja DNA metodą SHARP. W kolejnej tabeli wyjaśniono właściwości składników oznaczonych gwiazdką (*).

 

 

PCR – metoda wykorzystywana do amplifikacji DNA

PCR – metoda wykorzystywana do amplifikacji DNA

 

 

Na poniższym rysunku przedstawiono dane świadczące o tym, że metoda SHARP pozwala przeprowadzić amplifikację DNA (A–D). Na rysunku A przedstawiono plazmid, który był matrycą do amplifikacji DNA o długości 1463 par zasad (pz) z użyciem starterów M13_fwd i M13_rev. Na rysunku B przedstawiono wynik SHARP w obecności wszystkich składników wymienionych w tabeli albo przy braku: ATP, SSB albo helikazy PcrA M6. Na rysunkach C i D porównano odpowiednio wynik amplifikacji DNA konwencjonalną PCR oraz SHARP w zależności od stężenia matrycowego DNA.

 

 

PCR – metoda wykorzystywana do amplifikacji DNA

Jednym z niezbędnych etapów przy opracowywaniu nowej metody jest jej optymalizacja. Na poniższym rysunku przedstawiono wynik doświadczenia, w którym badano wpływ stężenia białka SSB – jednego ze składników mieszaniny do SHARP – na czułość tej metody. W tym doświadczeniu oczekiwanym produktem amplifikacji był DNA o długości 350 pz

 

 

PCR – metoda wykorzystywana do amplifikacji DNA

1. Uzupełnij w poniższym tekście luki (1.–3.) wyrażeniami z tabeli, wybierając w każdym przypadku jedno z dwóch zaproponowanych.

Barwniki fluorescencyjne, takie jak EvaGreen, są wzbudzane promieniowaniem o określonej długości fali (λwz), a następnie emitują światło o charakterystycznej dla danego barwnika długości fali (λem). Użycie substancji EvaGreen w odpowiednim czytniku fluorescencyjnym pozwala na określenie ilości DNA w próbce (1) amplifikacji DNA. Zależność między λwz a λem powinna być następująca: (2). Odczynnik ten (3) konieczny do przeprowadzenia amplifikacji DNA metodą SHARP.

PCR – metoda wykorzystywana do amplifikacji DNA

 

2. Określ, które stwierdzenia dotyczące składu ostatecznej mieszaniny do SHARP są prawdziwe, a które – fałszywe.

 

 

PCR – metoda wykorzystywana do amplifikacji DNA

 

 

3. Uzupełnij w poniższym tekście luki (1.–3.) wyrażeniami z tabeli, wybierając w każdym przypadku jedno z dwóch zaproponowanych.

W metodzie SHARP do rozdzielania DNA na pojedyncze nici wykorzystywana jest energia z wiązań (1). Energia niezbędna do syntezy nowych nici DNA pochodzi z (2). Zadaniem helikazy jest zerwanie oddziaływań występujących między zasadami azotowymi (3) DNA.

 

 

PCR – metoda wykorzystywana do amplifikacji DNA

 

 

4. Określ, które stwierdzenia dotyczące przedstawionych wyników badań są prawdziwe, a które – fałszywe.

 

PCR – metoda wykorzystywana do amplifikacji DNA



mitochondrialny kod genetyczny kręgowców

Poniżej przedstawiono standardowy kod genetyczny.

mitochondrialny kod genetyczny kręgowców

W mitochondrialnym kodzie genetycznym kręgowców występują różnice w porównaniu do standardowego kodu genetycznego: kodony AGA oraz AGG stanowią sygnał terminacji translacji, kodon AUA koduje metioninę, a kodon UGA – tryptofan. W ludzkim kodzie mitochondrialnym oprócz kodonu AUG występują dwa alternatywne kodony start: AUA oraz AUU, które są rozpoznawane przez specjalnie zmodyfikowany antykodon mitochondrialnego tRNAMet. Wyjściowa sekwencja tego antykodonu jest taka sama jak w cytozolowym tRNAMet, ale jedna z zasad azotowych tego antykodonu podlega modyfikacji (najpierw metylacji, a następnie utlenieniu) i może tworzyć wiązania z różnymi zasadami azotowymi. Dzięki temu kodon AUU koduje metioninę zamiast izoleucyny, jeżeli stanowi sygnał inicjacji translacji, a kodon AUA koduje metioninę niezależnie od położenia w obrębie mRNA.

Na podstawie: www.ncbi.nlm.nih.gov; S. Haag i in., NSUN3 and ABH1 modify the wobble position of mt-tRNAMet to expand
codon recognition in mitochondrial translation, The EMBO Journal 35, 2016.

1. Uzupełnij w poniższym tekście luki (1.–3.) wyrażeniami z tabeli, wybierając w każdym przypadku jedno z dwóch zaproponowanych.

Kody genetyczne – standardowy i mitochondrialny – mają (1) liczbę kodonów. W porównaniu do kodu standardowego w kodzie mitochondrialnym jest (2) kodonów stop. Substytucja pojedynczego nukleotydu w kodonie kodującym metioninę może doprowadzić do przedwczesnej terminacji translacji tylko w przypadku białka syntezowanego w (3).

mitochondrialny kod genetyczny kręgowców

 

2. Określ, które stwierdzenia dotyczące translacji na rybosomach cytozolowych ssaków są prawdziwe, a które – fałszywe.

mitochondrialny kod genetyczny kręgowców

3. Wybierz spośród podanych sekwencję antykodonu cytozolowego tRNAMet.
A. 5′ AUG 3′
B. 5′ GUA 3′
C. 5′ CAU 3′
D. 5′ UAC 3′

4. Wybierz spośród podanych nazwę zasady azotowej podlegającej modyfikacji w antykodonie mitochondrialnego tRNAMet.
A. adenina
B. uracyl
C. cytozyna
D. guanina




obszarowe formy ochrony przyrody

Do najstarszych obszarowych form ochrony przyrody należą parki narodowe, parki krajobrazowe, rezerwaty przyrody. W latach 90. wprowadzono nowe formy ochrony: obszary chronionego krajobrazu, użytki ekologiczne, zespoły przyrodniczo krajobrazowe, stanowiska dokumentacyjne, a w obecnym stuleciu obszary Natura 2000.

Źródło: E. Symonides, Ochrona przyrody, Warszawa 2014; M. Walczak i wsp., Obszary Chronione w Polsce, Warszawa 2001.

Do każdej z wymienionych w tabeli form ochrony przyrody dopasuj odpowiedni opis wybrany spośród 1.–4.

1. Ochrona niewielkich powierzchniowo obiektów, bardzo cennych pod względem przyrodniczym. Obszary te stanowią pozostałości ekosystemów, mające znaczenie ze względu na unikatowe typy siedlisk: naturalne zbiorniki wodne, torfowiska, starorzecza, opuszczone wyrobiska, wydmy itp., a także stanowiska rzadkich lub chronionych gatunków roślin, zwierząt i grzybów.

2. Ochrona obszarów ważnych pod względem naukowym i dydaktycznym. Chronią odkrywki geologiczne, profile glebowe na obszarze wyrobisk powierzchniowych i podziemnych, także miejsca występowania kopalnych szczątków roślin i zwierząt.

3. Ochrona obszarów najcenniejszych i zagrożonych wyginięciem siedlisk przyrodniczych i zachowanie zagrożonych gatunków w skali całej Europy. Wyróżniono obszary specjalnej ochrony ptaków i specjalne obszary ochrony siedlisk. Mogą stanowić część lub całość istniejącej wcześniej przestrzennej formy ochrony przyrody.

4. Ochrona obszarów ze względu wyróżniający się teren o zróżnicowanych ekosystemach, pełniących często funkcję korytarzy ekologicznych. Obejmują tereny rozległe takie jak doliny rzeczne, kompleksy leśne, torfowiska. Obszary te są wartościowe pod względem turystyki i wypoczynku.

 

 

obszarowe formy ochrony przyrody








udział Kwasu foliowego w replikacji materiału genetycznego bakterii

Kwas foliowy jest niezbędny do replikacji materiału genetycznego bakterii (jest konieczny do syntezy kwasów nukleinowych). Większość bakterii samodzielnie syntetyzuje ten związek, niektóre jednak gatunki nie mogą prowadzić tego procesu i są uzależnione od egzogennego kwasu foliowego.

Niezbędnym substratem do syntezy kwasu foliowego przez bakterie jest kwas p-aminobenzoesowy – PABA.
Sulfonamidy to chemioterapeutyki odkryte w pierwszej połowie XX wieku, które łączą się odwracalnie z centrum aktywnym enzymu odpowiedzialnego za przekształcanie PABA na szlaku reakcji syntezy kwasu foliowego.

Prokaina to lek znieczulający, który jest rozkładany przez cholinesterazę osoczową. Jednym z produktów rozkładu prokainy jest PABA, który jest wydalany przez nerki wraz z moczem.

1. Wyjaśnij, dlaczego nie zaleca się równoczesnego stosowania sulfonamidów i prokainy u pacjentów z infekcją bakteryjną.

 

2. Prędkość maksymalną reakcji enzymatycznej oznacza się symbolem Vmax, a stałą Michaelisa – symbolem Km.

Wybierz poprawne dokończenie zdania.

Sulfonamid jest w stosunku do enzymu przekształcającego PABA
A. inhibitorem kompetycyjnym, powodującym obniżenie wartości Km.
B. inhibitorem kompetycyjnym, powodującym podniesienie wartości Km.
C. regulatorem allosterycznym, nie wpływającym na Km i Vmax.
D. regulatorem allosterycznym, powodującym obniżenie wartości Km.

 

 

3. Określ, czy zastosowanie sulfonamidu w leczeniu infekcji wywołanej przez szczep bakterii niemający genu kodującego enzym przekształcający PABA będzie skuteczne terapeutycznie. Odpowiedź uzasadnij.

Paginacja